Die Stammzellen für die Transplantation können entweder aus dem Knochenmark (Knochenmarktransplantation) oder aus dem Blut (Blut-Stammzelltransplantation) gewonnen werden. Die Übertragung von Stammzellen aus dem Blut erfolgt im Prinzip wie eine Knochenmarktransplantation. Der Hauptunterschied zwischen Blut-Stammzell- und Knochenmarktransplantation liegt in einer etwas (circa 1 Woche) rascheren Erholung der weißen Blutzellen und Thrombozyten. Hieraus folgen eine raschere Erholung der Patientin oder des Patienten und eine geringere Häufigkeit von Infektionen.